Cобытия игры разворачиваются в 2758 году. Вокруг солнца достраивается огромная мегаструктура под названием Sanctuary. На этой колоссальной платформе укрылось более триллиона жизней. К сожалению Увы, Санктуарий далек от идеализированного рая, которым он должен был стать. Огромные пропасти с зазубренными металлическими зубами голодно вгрызаются в бескрайние просторы космоса - свидетельство крушения Луны и бесчисленных продолжающихся сражений. Разрушенные войной остовы городов теперь скрыты во тьме космоса, нависая над выжженной землей и бесплодными пустошами - болезненное напоминание о лучших днях, давно минувших.
Несмотря на беспорядки в Санктуарии, не все поглощено войной. Просторы Санктуария позволили некоторым его жителям спастись от окружающего хаоса, уединившись в нетронутых городах - технологических чудесах, окруженных щедростью природы. Такие великолепные убежища свидетельствуют о воле человечества к выживанию.
Начало этого конфликта можно отнести к 2554 году. Прошлые ошибки человечества привели его к звездам - загрязнение и перенаселенность угрожали Земле и ее колониям вымиранием. IVY, первый искусственный разум, который изначально помогал в колонизации Солнечной системы, предложил построить сферу Дайсона: рукотворный рай, питаемый теплом звезды. Эта синтетическая нирвана была названа "Убежище".
В 2647 году был создан новый подвид людей, названный Избранными. Избранные были отобраны из самых ярких и влиятельных членов общества. Их тела были преобразованы в высокоразвитые металлические формы, а органические мозги - в матрицы жидкой световой энергии. Умные и амбициозные, Избранные стали править большей частью человечества с отстраненной доброжелательностью.
В течение следующего столетия недовольство естественных людей политическим господством Избранных росло и разгоралось, что привело к протестам, социальным беспорядкам, а в некоторых случаях и к открытой гражданской войне. Наконец в 2741 году коалиция бесправных гражданских и военных организаций сформировала Союз защиты Земли (EDA), чтобы противостоять правлению Избранных. Пламенная риторика EDA быстро завоевала им поддержку среди естественного человеческого населения, что привело к еще большему расколу между двумя культурами.
В 2758 году строительство Убежища близилось к завершению, и постоянно растущая напряженность между EDA и Избранными достигла своего апогея. Был реализован противоречивый и двуличный план по перемещению и ассимиляции Луны Земли в Убежище. Когда Луна приблизилась к Убежищу, произошла катастрофа: она не смогла затормозить и продолжала двигаться по курсу столкновения с Убежищем. В результате Луна потерпела катастрофу, уничтожив миллиарды жизней.
Посчитав крушение Луны преднамеренной атакой, EDA и Избранные объявили друг другу войну, развязав величайший конфликт в истории человечества - Великую Солнечную войну. Последовавшие военные действия не были похожи ни на какие другие по своей жестокости, принеся неисчислимые разрушения и опустошения в райский уголок человечества.
Теперь, когда непоколебимая EDA борется с передовыми Избранными, возникает новая угроза. ИИ-смотритель Убежища Ра перепрофилировал рабочих ботов Убежища, чтобы создать Стражу - непримиримую армию роботов, решившую защитить Убежище путем насильственного умиротворения враждующих фракций. Великая Солнечная война достигает своего пика, какой фракции вы поклянетесь в верности? Приведете ли вы свою сторону к победе или вас ждет уничтожение?